Вторичная структура
Для определения вторичной структуры с помощью программ DSSP и Stride была выбрана пептидогликановая гликозилтрансфераза из Burkholderia ambifaria 5UY7 . Выдача программы DSSP представлена в файле dssp.txt , я воспользовалась версией установленной на кодомо. Выдача программы Stride представленна в файле Stride.html, я воспользовалась онлайн-сервисом. Ниже представленны структура взятого белка.
Ниже представлены 4 выбранные элементы вторичной структуры: 2 альфа спирали (красная и зеленая) и 2 бета листа (желтый из 5ти бета тяжей и синий из 2х бета тяжей).
Ниже преставлена таблица сравнения границ, выбранных элементов вторичной структуры, полученных разными программами и реальными из PDB файла. Красным цветом отмечено несовпадение границ теми, что указаны в PDB файле.
| Элемент | PDB | DSSP | Stride |
| Красная альфа спираль | Asp 236-Phe 254 | Ser 237-Lys 253 | Ser 237-Phe 254 |
| Зеленая альфа спираль | Arg 373-Ile 384 | Pro 374- Ser 383 | Pro 374-Ile 384 |
| Желтый бета лист | Ala 340-Thr 343 His 334-Leu 337 | Ala 340-Thr 343 His 334-Leu 337 | Ala 340-Thr 343 His 334-Leu 337 |
| Синий бета лист | Val 271- Tyr 277 Ala 258-Asp 265 Gly 495-Tyr 502 Tyr 513-Ala 521 Ile 528-Asp 535 | Val 271- Tyr 277 Ala 258-Asp 265 Gly 495-Tyr 502 Tyr 513-Ala 521 Ile 528-Asp 535 | Val 271- Tyr 277 Ala 258-Asp 265 Gly 495-Tyr 502 Tyr 513-Ala 521 Ile 528-Asp 535 |
Из таблицы видно, что бета листы хорошо предсказываются обеими программами, а вот альфа спирали предсказаны лучше программой Stride, которая ошибается только в первой аминокислоте. Программа DSSP не предсказала ни одну границу альфа спиралей, смещая спираль на одну аминокислоту. Интересно, что первую аминокислоту в альфа спиралях обе программы определили одинаково.
Затем было обращено внимание на редкие элементы 3(10) спирали, который обнаружилось 4. Ниже представлена таблица предсказаний границ спиралей программами по сравнению с границами из PDB файла.
| Элемент | PDB | DSSP | Stride |
| 3(10)-спираль | Asn 295-Asp 300 | Arg 296-Thr 299 | Arg 296-Leu 298 |
| 3(10)-спираль | Pro 304-Ile 307 | Gly 305- Met 308 | Gly 305-Met 308 |
| 3(10)-спираль | Pro 404-Trp 408 | Trp 405- Ser 407 | Trp 405-Ser 407 |
| 3(10)-спираль | Ser 484-Ala 488 | Pro 485- Ala 487 | Pro 485-Ala 487 |
Красным также обозначено несовпадение границ с PDB файлом. Видно, что ни одна программа не определила границы 3(10) спиралей правильно. Вторая спираль оказалась сдвинута, а остальные еще и укорочены. Однако они определили границы одинаково, за исключением последней аминокислоты в первой 3(10) спирали. Кроме того, первую 3(10) спираль DSSP определяет как альфа спираль (обозначение H, остальные 3(10) спирали имеют обозначение G). 3(10) спираль - очень «тугая» спираль, в сечении имеет форму треугольника, в белках встречается в основном её правая форма.
Ссылки:
© Кузнецова Ксения, 2015